DICOM(6)Windowsで使える変換ツール:GDCM JPEG2000から変換可

前の関連記事:DICOM(5)Windowsで使える変換ツール:YAKAMI DICOM ツール集 JPEG2000は変換元には不可


JPEG2000で圧縮したDICOMファイルを非圧縮形式に変更できるフリーソフトはないかといろいろ探した結果、GDCMにたどり着きました。

Grassroots DiCoM(GDCM)


前々回紹介したDCMTKと同じコマンドラインツール集ですがこちらにはGdcmconvというJPEG2000(J2K)を変換するツールが含まれています。

使用例にJPEG2000に圧縮したdcmファイルを非圧縮にするものが見当たらないので不安ですが、とりあえずダンロードしてインストールしてみます。

GDCM Wiki

ここのUsers CornerのDownloadsのリンクをたどるとGrassroots DICOM - Browse /gdcm 2.x at SourceForge.netへ行き着きます。


最新バージョンは2.4.0のようです。


私はGDCM-2.4.0-Windows-x86.exeをダウンロードしました。

GDCMのインストール


GDCM-2.4.0-Windows-x86.exeを起動するとインストーラーが立ち上がります。

進んでいくとパスの設定の質問がでてきます。


コマンドラインを起動をどこからするかということですが、私は「Add GDCM to the system PATH for all users」にしました。

こうするとどこからでもコマンドが起動できます。

DOS時代の感覚だとOSの起動が遅くなるような恐れを抱いてしまいますが64bit Windowsでこれしきのことで何か不都合なことが起こるのかは知りません。

Windows7の場合は、スタートメニュー→コントロールパネル→システム→システムの詳細設定→詳細設定→環境変数→システム環境変数、の変数Pathの部分に反映されます。

「Add GDCM to the system PATH for all users」を選択した私の場合はそこに以下のパスが追加されていました。

C:\Program Files (x86)\GDCM 2.4\bin

Windows2000の頃までは頻繁にPATHの設定をしたものですが、最近は滅多に使わなくなってしまいましたね。


全部は必要ないと思いますが必要なスペースが15.8MBなのでもう全部インストールしてしまいました。

たぶんRuntimeだけのインストールでいけると思います。

GdcmconvでDICOMファイルを変換する


GDCMをインストールするとスタートメニューにGDCMとういフォルダが追加されますが、単にアンインストーラーのアイコンが入っているだけです。


プログラムの起動はすべてコマンドラインから行います。

スタートメニューのプログラムとファイルの検索部分に「cmd」と入力してEnterキーを押すとコマンドラインコンソールが立ち上がります。


GDCMはツール集ですので使うためには各ツールのコマンドを入力しないといけません。

GDCM WikiのUsers CornerのEnd User Applicationsに各ツールの解説があります。
 Standalone (pure gdcm apps)
Gdcmanon : A reversible DICOM anonymizer (protect patient data, while allow de-encryption if needed).
Gdcmconv : Converts a DICOM file into another DICOM file.
Gdcmdump : Displays each field of a DICOM file.
Gdcmimg : Manipulate Pixel Data element of DICOM file (eg. convert from raster image to DICOM file).
Gdcminfo : Displays meta-information about a DICOM file.
Gdcmgendir : Generate a DICOMDIR file from a DICOM File-Set.
Gdcmpdf : Convert pdf to DICOM/PDF
Gdcmraw : Extracts a specific binary field from a DICOM DataSet (for hard-core developers)
Gdcmscanner : Scans a directory containing DICOM files.
Gdcmtar : tar/untar multi-frames images (including SIEMENS MOSAIC file).
End User Applications - GDCM Wiki
DICOMコンバータツールはGdcmconvです。

GDCM: Tool to convert DICOM to DICOM.

ここに使い方があります。

JPEG2000を非圧縮に戻したいので--rawオプション(または-w)を使います。

どの圧縮形式であっても同じ--rawオプションで非圧縮に変換してくれるようです。

Decompressing a Compressed DICOM

$ gdcmconv --raw compressed.dcm uncompressed.dcm

ためしに1枚をコマンドラインで変換してみます。

dcmファイルがあるフォルダにcdで移動して以下のコマンドを実行しました。

gdcmconv --raw IM-0001-0001.dcm Dec_IM-0001-0001.dcm

IM-0001-0001.dcmというJPEG2000 Transfer Syntaxのdcmファイルが非圧縮のDec_IM-0001-0001.dcmに変換されるはずです。


ファイルサイズは5倍以上に増えていますね。ちゃんと変換されたようです。

gdcmconv --rawでJPEG2000を変換するとExplicet VR Little Endianになった


DICOM(3)Transfer Syntax(転送構文):dcmファイルには形式が複数あるのどの形式の非圧縮ファイルに変換されたのか調べてみました。

DICOM(5)Windowsで使える変換ツール:YAKAMI DICOM ツール集 JPEG2000は変換元には不可のDICOM Converterで読み込んでみると、


Explicit VR Little Endian 明示的VRリトル・エンディアン(非圧縮)になっています。

これはJPEG2000に変換する前の形式によるのかもしれません。

変換元に使ったのはDICOM filesにあるCALIXというデータです。

遂にJPEG2000を非圧縮形式への変換に成功したようです。

変換後のdcmファイルはzioTerm2009でもちゃんと読みこめました。

あとは複数ファイルをもっと簡単に変換する方法を考えないといけません。

参考にしたサイト


GDCM Wiki
Grassroots DiCoM(GDCM)。GはGNUのGかと思っていました。

End User Applications
GDCMのツール一覧。

GDCM: Tool to convert DICOM to DICOM.
DICOMコンバーターGdcmconv。JPEG2000を非圧縮形式に変換できます。

DICOM files
Osirixのサンプルデータ。

次の関連記事:DICOM(7)GDCM:dcmファイルを一括して非圧縮に変換する方法

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