zioTerm2009(3)OsirixのサイトにあるDICOMサンプルデータをインポートする

前の関連記事:zioTerm2009(2)「3Dで開く」で軸位断,冠状断,矢状断を見る


OsirixのサイトにはいろいろなDICOMサンプルデータが置いてあります。これらをzioTerm2009にとりこみます。

(2015.1.12追記。zioTerm2009は公開中止となり現在使うことは不可能です。)

zioTerm2009に取り込むためにはTransfer Syntaxの変換が必要


まずDICOM filesから使いたいサンプルデータをダウンロードします。

全部で55個のzipファイルがあり、すべてダウンロードすると3.7GBあります。

これらのzipファイルの中のフォルダ名にはWindowsでは使えない文字が含まれているものがあります。

DICOM(11)OsirixのDICOMサンプルデータをWindowsで使うの通り前処理をします。

zioTerm2009はJPEG2000 Transfer SyntaxのDICOMファイルは取り込めませんので非圧縮のTransfer Syntaxに変換しないといけません。

DICOM(10)GDCM:サブフォルダのdcmファイルも一括処理するバッチファイルが完成のバッチファイルを使えばサンプルデータの入ったフォルダをバッチファイルにドロップするだけです。


全部で44178個もdcmファイルがあります。

変換後の最初と最後のファイルのタイムスタンプをみると最初が19:33で最後が21:42でした。

COREi5で約2時間かかったことになります。

非圧縮に変換すると最初は3.7GBだった容量が20GBにもなります。

読み込めないdcmファイルが3個あった


以下の3つのファイルは変換失敗しました。

CALIX\CALIX\CT1 abdomen\D30MN BILISCOPIN\IM-0001-0045.dcm

QUANTREDEUSIX\QUANTREDEUSIX\Cardiovascular Heart-Cardiac Function\cemra highres\IM-0001-0066.dcm

TRAGICOMIX\Thorax 1CTA_THORACIC_AORTA_GATED (Adult)\A Aorta w-c  3.0  B20f  0-95%\IM-0001-0020.dcm

YAKAMI DICOM ツール集のDICOMビューアでも表示できませんでした。

そこでこれらのファイルは削除しました。

dcmファイルが壊れているのだと思います。

zioTerm2009に取り込む:フォルダを指定してインポートするとなぜかちょっと遅い


zioTerm2009のデータ画面の右上にある「インポート」ボタンをクリックしてdcmファイルを取り込みます。


一番下にある「このフォルダ内のすべてのファイルをインポート」ボタンをクリックするとサブフォルダ内のdcmファイルもすべてインポートしてくれます。

なぜか全く同じフォルダを開いてdcmファイルを直接インポートした方が速いです。


この状態で「このフォルダ内のすべてのファイルをインポート」ボタンをクリックすると速く取り込まれます。

インポート中にキャンセルする方法もないのでたくさんのdcmファイルの入ったフォルダを指定してインポートするときにはかなりの時間を覚悟しないといけません。

zioTerm2009に取り込まれたdcmファイルはC:\ZIODATA\ZIODBS\Im以下にStudy名(患者名)アルファベットのフォルダに入るみたいです。

各ファイルの更新日時は取り込む前のファイルのものになっています。

44178個のdcmファイルの取り込みをしたあと取り込んだdcmファイルのサイズと更新日時を頼りに先頭と最後尾と思われるファイルのプロパティを確認してみると、アクセス日時が先頭が22:56で最後尾が23:48でした。

途中で寝てしまったので正確にはわかりませんがこれから推測すると20GBの44178個のdcmファイルの取り込みには約1時間かかったことになります。

C:\ZIODATA\ZIODBS\Imのフォルダサイズは取り込んだファイルの容量分だけ増加していました。

参考にしたサイト


DICOM files
OsirixのサイトにあるDICOMサンプルデータ。
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