MRI(1)Javaで動くMRIシミュレーターVirtual MRI


MRIの撮影条件の各変数がどのように寄与しているのかイメージが湧きにくくてなかなか頭に入りません。シミュレーターがあればよくわかるのになあ、と思っていたら正にその目的にかなったシミュレーターがありました。

Virtual Magnetic Resonance Imager


Virtual MRIがトップページです。

左のカラムにある「Running VMRI」をクリックするとブラウザから起動できるのですが、私の環境では計算元になるデータがロードできませんでした。

そこでダウンロード版を使いました。

左のカラムにある「Download」をクリックするとダウンロード版のページが開きます。

Javaで動くのであらかじめJavaの仮想マシンがインストールされていないといけません。

私のマシンには既にインストールされているので改めてインストールする必要はありませんでしたが、以前インストールするときはJava SE、Java EE、Java FX、Java MEとかJDKとかJREとかいっぱい名称があって一体どれをインストールすればよいのか迷った記憶があります。

Javaソフトウェアの実行をするだけならJava SEのJRE(Java SE Runtime Environment)をインストールすれば十分です。

java.com: あなたとJava

ここの指示にしたがってダウンロードすると必要なファイルを自動的に選択してインストールしてくれます。

途中でウイルス対策ソフトのMcAfeeを一緒にインストールするのかと聞かれますが必要なければチェックをはずします。

Javaのインストールが完了したらVirtual MRIをダウンロードします。

ダウンロードリンクを辿っていくとVirtual MR Scanner | Free Home & Education software downloads at SourceForge.netに着きます。

ここからFilesVirtual MR scannerVirtual MR Scanner 3.2.14と辿ってvmri_3.2.14_bin.zipをダウンロードしました。

マニュアルは同じページにあるmrt_user_manual_3.2.3.pdfになります。

まずは計算元データをロードする


起動は解凍したzipファイルにあるvmrt_xx.batをダブルクリックします。


まずは計算元になるデータをロードします。

私はマニュアルを読むまでそれがわからず苦労しました。

まずはリファレンス ファントムから見てみます。


右上の5つのボタンうち左端のボタンをクリックします。


するとそれぞれの被写体の条件のリストがでてきます。

①脂肪、②メトヘモグロビン、③白質、④灰白質、⑤浮腫、⑥嚢胞液、⑦脳脊髄液、⑧水

それぞれについて水素原子密度(PD)、縦緩和時間(T1)、横緩和時間(T2)が表示されています。

撮影条件の設定:実撮影時間の推定値も計算される


次の本体の画面に戻って撮影条件の設定をします。

撮像法は7つから選べます。Pulse sequenceで選択します。


「Adjustment of exam parameters」のチェックボックスにチェックをすると各撮像法の条件設定ができます。


Spin Echoだとこんなパネルが出現します。


パラメーターに合わせて実際の撮影時間まで算出されます。

「Start」ボタンで撮影開始:結果は数秒で出力


「Start」をクリックすると撮影が始まります。

先ほどの撮影時間はあくまで実機での推定撮影時間です。

シミュレーターではスピンが収まるのを待つ必要もないのでパソコンの性能に合わせて全速力で計算してくれます。

結果がでたら「Adjustment of exam parameters」のチェックボックスにチェックをはずすと全体が見れます。


左上から①脂肪、②メトヘモグロビン、③白質、④灰白質、⑤浮腫、⑥嚢胞液、⑦脳脊髄液、⑧水の結果が表示され、脂肪と水だけ下の大きな枠に再度表示されています。

頭部MRIをシミュレート


ファントムだけでなく頭部MRIのデータも内蔵されています。


右上の5つのボタンうち左から2番目のボタンをクリックします。


計算元データの情報が表示されます。

先ほどと同様にして撮影条件を設定後に「Start」ボタンをクリックすると結果が表示されます。


結果を並べて比較する



Viewerタブにある左から2番目のボタンをクリックすると画像の結果が並べて表示できます。


k-spaceを操作したり、計算元データの追加もできるようなのですがもうちょっとMRIについて勉強しないといけません。

参考にしたサイト


Virtual MRI
Javaで動くMRIシミュレーター

java.com: あなたとJava
Javaインストールサイト
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