DICOM(11)OsirixのDICOMサンプルデータをWindowsで使う

前の関連記事:DICOM(10)GDCM:サブフォルダのdcmファイルも一括処理するバッチファイルが完成


OsirixのサイトにDICOMサンプルデータが豊富に公開されています。これらをWindowsのDICOMビューアで利用しようとしましたが一筋縄にはいきませんでした。

Windowsのエクスプローラでは見えないフォルダが3個あった


DICOM filesからサンプルデータをダウンロードします。

全部で55個のzipファイルになっておりすべてダウンロードすると3.7GBありました。

フォルダ名の問題でWindowsのエクスプローラでは見えないフォルダが3個ありました。

WinRARで解凍すると問題部分が改名されて解凍されます。

LUNGIX.zip 

LUNGIX\PET PETCT_WB_apc (Adult)\<ALPHA Collection> - 107

→<>が問題。

ANONYMIZE.zip

ANONYMIZE\BRAIN\3-pl T2* FGRE S - 1

→*が問題。

CEREBRIX.zip

CEREBRIX\Neuro Crane\<MPR Range[1]> - 18

→<>が問題。

解凍すると4.1GBに増えました。

Transfer SyntaxがJPEG2000でないdcmファイルも混じっている


DICOM filesにはAll these DICOM files are encoded in JPEG2000 transfer syntaxと書いてあるのですべてJPEG2000に圧縮してあるのかと思ったらそうでもありませんでした。

DICOM(10)GDCM:サブフォルダのdcmファイルも一括処理するバッチファイルが完成のバッチファイルを使って先頭のdcmファイルのTransfer Syntaxを調べてみました。

BRAINIX.zip、INCISIX.zip、PHENIX.zip、VIX.zipはExplicit VR Little Endianでした。

KNIX.zipはJPEG Losslessでした。

GDCMでJPEG2000を非圧縮形式に変換するまえにさらにフォルダ名を修正する


Windowsで使う予定のzioTerm2009(1)Windowsで使えるフリーDICOMビューアはJPEG2000のTrasfer Syntaxは読み込めません。

そこでDICOM(10)GDCM:サブフォルダのdcmファイルも一括処理するバッチファイルが完成のバッチファイルを使って非圧縮形式に一括変換します。

Explicit VR Little EndianやJPEG LosslessのTransfer SyntaxはそのままzioTerm2009に読み込めますので変換する必要はありませんが、上のバッチファイルで一括変換してしまっても問題ありません。

ところが早速一括変換してみると変換できていないdcmファイルがありました。

調べてみるとそれらにはGDCMで扱えないフォルダ名が含まれていました。

そこで以下の4つのフォルダ名を変更しました。

バッチファイルでechoでパスを出力したら元の名前がわかりました。

BRANIX.zip 

IRM ceフ〉eフ|rale, neuro-craフOe → IRM cerebrale, neuro-crane
(元名IRM cérébrale, neuro-crâne)

INCISIX.zip 

TeフUe Dental (Adulte) → Tete Dental (Adulte)
(元名Tête Dental (Adulte))

PHENIX.zip 

CT2 teフUe, face, sinus → CT2 tete, face, sinus
(元名CT2 tête, face, sinus)

VIX.zip 

Extreフ[iteフ《 infeフ〉ieures Pied_cheville_UHR (Adulte) → Extremites inferieures Pied_cheville_UHR (Adulte)
(元名Extrémités inférieures Pied_cheville_UHR (Adulte))

これで非圧縮変換にする準備は整いましたがまずはzipファイルを解凍してできたフォルダ一覧を作成することにします。

参考にしたサイト


DICOM files
OsirixのサイトにあるDICOMサンプルデータ。

窓の杜 - 【NEWS】多くの解凍ソフトに指定外の場所へファイルが解凍されてしまう脆弱性が存在
こんな問題は知らずに使っていましたね。以前私が使っていたeoとかLhasaは問題ないみたいです。

WinRAR in Japan
不正なフォルダ名は訂正して解凍してくれます。

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